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インストール済みの独自SSLを削除(アンインストール)することはできますか？

はい、可能です。
ご利用の独自SSLにより手順は異なります。

無料独自SSLの場合

サーバーパネル内「SSL設定」にて、設定済みの無料独自SSLの「削除」ボタンから削除(アンインストール)することができます。

オプション独自SSLの場合

Xserverアカウント内、エックスサーバー契約管理ページのトップページより、対象のSSL証明書の縦三点リーダーメニュー内「契約情報」より削除(アンインストール)が可能です。

※オプション独自SSLを「独自IPアドレスあり」でご利用の場合は、SSL証明書のアンインストールを行う前に、コモンネームに該当するホスト名のDNSレコード情報を、お客様がご利用のサーバーのIPアドレスに変更する必要があります。
DNSレコード情報の変更手順は、マニュアル「DNSレコードの編集」をご参照ください。

※利用期限内のSSL証明書は、同一Xserverアカウント内、エックスサーバー契約管理ページの他のサーバーアカウントにインストールを行い、引き続き利用することができます。
詳細は、よくある質問「オプション独自SSLで発行したSSL証明書を他のサーバーアカウントで利用することはできますか？」をご参照ください。