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サーバーと独自ドメインを銀行振り込みでお支払い手続きをしました。合算してもいいですか？

可能です。
複数のご契約を合算しお支払いいただいた際は、Xserverアカウント内、エックスサーバー契約管理ページの「料金支払い > お支払い報告フォーム」より、弊社サポートまでお支払いの詳細についてご連絡ください。